Cobalt in PDB 6auc: Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav
Protein crystallography data
The structure of Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav, PDB code: 6auc
was solved by
L.Olshansky,
J.Vallapurackal,
R.Huerta-Lavorie,
T.D.Tilley,
A.S.Borovik,
with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:
Resolution Low / High (Å)
|
54.95 /
1.46
|
Space group
|
I 41 2 2
|
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)
|
57.580,
57.580,
183.790,
90.00,
90.00,
90.00
|
R / Rfree (%)
|
17.8 /
20.1
|
Cobalt Binding Sites:
The binding sites of Cobalt atom in the Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav
(pdb code 6auc). This binding sites where shown within
5.0 Angstroms radius around Cobalt atom.
In total 4 binding sites of Cobalt where determined in the
Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav, PDB code: 6auc:
Jump to Cobalt binding site number:
1;
2;
3;
4;
Cobalt binding site 1 out
of 4 in 6auc
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Cobalt Binding Sites List in 6auc
Cobalt binding site 1 out
of 4 in the Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav
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Stereo pair view
|
A full contact list of Cobalt with other atoms in the Co binding
site number 1 of Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Co201
b:36.9
occ:1.00
|
CO4
|
A:OLS201
|
0.0
|
36.9
|
1.0
|
O05
|
A:OLS201
|
1.9
|
23.1
|
1.0
|
O03
|
A:OLS201
|
2.0
|
33.8
|
1.0
|
O12
|
A:OLS201
|
2.0
|
24.3
|
1.0
|
O07
|
A:OLS201
|
2.1
|
24.9
|
1.0
|
N07
|
A:OLS201
|
2.3
|
37.1
|
1.0
|
O15
|
A:OLS201
|
2.3
|
35.5
|
1.0
|
CO2
|
A:OLS201
|
2.7
|
37.0
|
1.0
|
CO3
|
A:OLS201
|
2.8
|
48.3
|
1.0
|
C04
|
A:OLS201
|
2.9
|
33.8
|
1.0
|
CO1
|
A:OLS201
|
2.9
|
43.0
|
1.0
|
C44
|
A:OLS201
|
2.9
|
34.4
|
1.0
|
O14
|
A:OLS201
|
3.3
|
34.8
|
1.0
|
C40
|
A:OLS201
|
3.3
|
37.9
|
1.0
|
O06
|
A:OLS201
|
3.4
|
30.0
|
1.0
|
N04
|
A:OLS201
|
4.0
|
43.0
|
1.0
|
O
|
A:HOH334
|
4.2
|
28.9
|
1.0
|
C37
|
A:OLS201
|
4.3
|
22.9
|
1.0
|
O08
|
A:OLS201
|
4.3
|
28.6
|
1.0
|
O09
|
A:OLS201
|
4.3
|
40.0
|
1.0
|
C43
|
A:OLS201
|
4.3
|
44.7
|
1.0
|
C22
|
A:OLS201
|
4.4
|
49.8
|
1.0
|
C41
|
A:OLS201
|
4.5
|
42.7
|
1.0
|
N05
|
A:OLS201
|
4.5
|
37.7
|
1.0
|
C02
|
A:OLS201
|
4.6
|
17.0
|
1.0
|
N06
|
A:OLS201
|
4.6
|
49.4
|
1.0
|
O10
|
A:OLS201
|
4.8
|
36.1
|
1.0
|
C18
|
A:OLS201
|
4.8
|
51.0
|
1.0
|
C32
|
A:OLS201
|
4.9
|
38.5
|
1.0
|
|
Cobalt binding site 2 out
of 4 in 6auc
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Cobalt Binding Sites List in 6auc
Cobalt binding site 2 out
of 4 in the Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav
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|
A full contact list of Cobalt with other atoms in the Co binding
site number 2 of Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Co201
b:43.0
occ:1.00
|
CO1
|
A:OLS201
|
0.0
|
43.0
|
1.0
|
O08
|
A:OLS201
|
1.8
|
28.6
|
1.0
|
O07
|
A:OLS201
|
1.9
|
24.9
|
1.0
|
O06
|
A:OLS201
|
1.9
|
30.0
|
1.0
|
O05
|
A:OLS201
|
2.1
|
23.1
|
1.0
|
O10
|
A:OLS201
|
2.3
|
36.1
|
1.0
|
N04
|
A:OLS201
|
2.4
|
43.0
|
1.0
|
CO2
|
A:OLS201
|
2.8
|
37.0
|
1.0
|
CO3
|
A:OLS201
|
2.9
|
48.3
|
1.0
|
CO4
|
A:OLS201
|
2.9
|
36.9
|
1.0
|
C22
|
A:OLS201
|
3.0
|
49.8
|
1.0
|
O12
|
A:OLS201
|
3.3
|
24.3
|
1.0
|
C18
|
A:OLS201
|
3.4
|
51.0
|
1.0
|
O09
|
A:OLS201
|
3.4
|
40.0
|
1.0
|
N07
|
A:OLS201
|
3.9
|
37.1
|
1.0
|
C44
|
A:OLS201
|
4.4
|
34.4
|
1.0
|
C21
|
A:OLS201
|
4.4
|
56.6
|
1.0
|
O03
|
A:OLS201
|
4.5
|
33.8
|
1.0
|
O14
|
A:OLS201
|
4.5
|
34.8
|
1.0
|
N05
|
A:OLS201
|
4.5
|
37.7
|
1.0
|
C40
|
A:OLS201
|
4.5
|
37.9
|
1.0
|
C19
|
A:OLS201
|
4.6
|
52.4
|
1.0
|
N06
|
A:OLS201
|
4.7
|
49.4
|
1.0
|
O15
|
A:OLS201
|
4.8
|
35.5
|
1.0
|
C04
|
A:OLS201
|
4.9
|
33.8
|
1.0
|
C24
|
A:OLS201
|
5.0
|
51.0
|
1.0
|
|
Cobalt binding site 3 out
of 4 in 6auc
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Cobalt Binding Sites List in 6auc
Cobalt binding site 3 out
of 4 in the Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav
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|
A full contact list of Cobalt with other atoms in the Co binding
site number 3 of Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Co201
b:48.3
occ:1.00
|
CO3
|
A:OLS201
|
0.0
|
48.3
|
1.0
|
O12
|
A:OLS201
|
1.9
|
24.3
|
1.0
|
O07
|
A:OLS201
|
2.0
|
24.9
|
1.0
|
O06
|
A:OLS201
|
2.0
|
30.0
|
1.0
|
N06
|
A:OLS201
|
2.2
|
49.4
|
1.0
|
CO4
|
A:OLS201
|
2.8
|
36.9
|
1.0
|
CO1
|
A:OLS201
|
2.9
|
43.0
|
1.0
|
CO2
|
A:OLS201
|
2.9
|
37.0
|
1.0
|
C34
|
A:OLS201
|
3.1
|
58.6
|
1.0
|
C28
|
A:OLS201
|
3.1
|
52.3
|
1.0
|
O15
|
A:OLS201
|
3.5
|
35.5
|
1.0
|
O10
|
A:OLS201
|
3.5
|
36.1
|
1.0
|
O05
|
A:OLS201
|
3.6
|
23.1
|
1.0
|
N05
|
A:OLS201
|
3.8
|
37.7
|
1.0
|
O08
|
A:OLS201
|
4.3
|
28.6
|
1.0
|
C35
|
A:OLS201
|
4.3
|
59.4
|
1.0
|
C32
|
A:OLS201
|
4.3
|
38.5
|
1.0
|
C29
|
A:OLS201
|
4.4
|
58.7
|
1.0
|
O03
|
A:OLS201
|
4.4
|
33.8
|
1.0
|
C24
|
A:OLS201
|
4.5
|
51.0
|
1.0
|
O14
|
A:OLS201
|
4.6
|
34.8
|
1.0
|
O09
|
A:OLS201
|
4.7
|
40.0
|
1.0
|
N07
|
A:OLS201
|
4.7
|
37.1
|
1.0
|
C30
|
A:OLS201
|
4.9
|
57.5
|
1.0
|
C04
|
A:OLS201
|
4.9
|
33.8
|
1.0
|
N04
|
A:OLS201
|
4.9
|
43.0
|
1.0
|
O
|
A:HOH334
|
5.0
|
28.9
|
1.0
|
|
Cobalt binding site 4 out
of 4 in 6auc
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Cobalt Binding Sites List in 6auc
Cobalt binding site 4 out
of 4 in the Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav
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|
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site number 4 of Artificial Metalloproteins Containing A CO4O4 Active Site - 2XM-Sav within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Co201
b:37.0
occ:1.00
|
CO2
|
A:OLS201
|
0.0
|
37.0
|
1.0
|
O12
|
A:OLS201
|
1.7
|
24.3
|
1.0
|
O09
|
A:OLS201
|
2.0
|
40.0
|
1.0
|
O06
|
A:OLS201
|
2.1
|
30.0
|
1.0
|
O14
|
A:OLS201
|
2.1
|
34.8
|
1.0
|
N05
|
A:OLS201
|
2.1
|
37.7
|
1.0
|
O05
|
A:OLS201
|
2.2
|
23.1
|
1.0
|
CO4
|
A:OLS201
|
2.7
|
36.9
|
1.0
|
CO1
|
A:OLS201
|
2.8
|
43.0
|
1.0
|
CO3
|
A:OLS201
|
2.9
|
48.3
|
1.0
|
C04
|
A:OLS201
|
2.9
|
33.8
|
1.0
|
C32
|
A:OLS201
|
3.0
|
38.5
|
1.0
|
C24
|
A:OLS201
|
3.1
|
51.0
|
1.0
|
O08
|
A:OLS201
|
3.1
|
28.6
|
1.0
|
O03
|
A:OLS201
|
3.3
|
33.8
|
1.0
|
O07
|
A:OLS201
|
3.4
|
24.9
|
1.0
|
N06
|
A:OLS201
|
3.8
|
49.4
|
1.0
|
O
|
A:HOH308
|
4.1
|
31.3
|
1.0
|
C37
|
A:OLS201
|
4.3
|
22.9
|
1.0
|
C34
|
A:OLS201
|
4.3
|
58.6
|
1.0
|
C33
|
A:OLS201
|
4.3
|
46.1
|
1.0
|
C25
|
A:OLS201
|
4.4
|
49.5
|
1.0
|
O15
|
A:OLS201
|
4.5
|
35.5
|
1.0
|
C28
|
A:OLS201
|
4.5
|
52.3
|
1.0
|
O10
|
A:OLS201
|
4.7
|
36.1
|
1.0
|
N07
|
A:OLS201
|
4.7
|
37.1
|
1.0
|
N04
|
A:OLS201
|
4.7
|
43.0
|
1.0
|
C44
|
A:OLS201
|
4.9
|
34.4
|
1.0
|
O
|
A:HOH334
|
4.9
|
28.9
|
1.0
|
C26
|
A:OLS201
|
4.9
|
48.2
|
1.0
|
|
Reference:
L.Olshansky,
R.Huerta-Lavorie,
A.I.Nguyen,
J.Vallapurackal,
A.Furst,
T.D.Tilley,
A.S.Borovik.
Artificial Metalloproteins Containing Co J. Am. Chem. Soc. V. 140 2739 2018.
ISSN: ESSN 1520-5126
PubMed: 29401385
DOI: 10.1021/JACS.7B13052
Page generated: Tue Jul 30 18:26:56 2024
|