Cobalt in the structure of uc(Nmr) Structure of D(Ttggccaa)2 Bound to Chromomycin-A3 and Cobalt (pdb 1ekh)

The binding sites of Cobalt atom in the structure of uc(Nmr) Structure of D(Ttggccaa)2 Bound to Chromomycin-A3 and Cobalt (pdb code 1ekh). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Cobalt atom. The 1ekh structure was solved by M.GOCHIN, with NMR in Solution technique. Cobalt Binding Sites: Cobalt binding site 1 out of 1 in 1ekh Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Cobalt in the PDB 1ekh. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Cobalt atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Dg4, A: Dc5, A: Dc6, B: Dg14, B: Dc15, B: Dc16, B: Dda26, B: Dda36, B: Cph23, A: Cph33, A: Dg4, A: Dc5, A: Dc6, B: Dg14, B: Dc15, B: Dc16, B: Dda26, B: Dda36, B: Cph23, A: Cph33, A: Dg4, A: Dc5, A: Dc6, B: Dg14, B: Dc15, B: Dc16, B: Dda26, B: Dda36, B: Cph23, A: Cph33, A: Dg4, A: Dc5, A: Dc6, B: Dg14, B: Dc15, B: Dc16, B: Dda26, B: Dda36, B: Cph23, A: Cph33, A: Dg4, A: Dc5, A: Dc6, B: Dg14, B: Dc15, B: Dc16, B: Dda26, B: Dda36, B: Cph23, A: Cph33, A: Dg4, A: Dc5, A: Dc6, B: Dg14, B: Dc15, B: Dc16, B: Dda26, B: Dda36, B: Cph23, A: Cph33, conact list: Atom Atom Distance (A) Co N2 A:Dg4 4.98 Co H21 A:Dg4 4.55 Co H22 A:Dg4 4.63 Co H2' A:Dc5 4.13 Co H1' A:Dc5 4.09 Co C1' A:Dc5 4.99 Co O2 A:Dc5 4.02 Co H5' A:Dc6 4.59 Co C4' A:Dc6 4.96 Co O5' A:Dc6 4.81 Co H4' A:Dc6 4.82 Co O4' A:Dc6 4.11 Co C5' A:Dc6 4.98 Co N2 B:Dg14 4.97 Co H21 B:Dg14 4.61 Co H22 B:Dg14 4.59 Co H2' B:Dc15 4.18 Co H1' B:Dc15 4.03 Co C1' B:Dc15 4.96 Co O2 B:Dc15 4.10 Co H5' B:Dc16 4.34 Co C4' B:Dc16 4.75 Co H1' B:Dc16 4.90 Co H4' B:Dc16 4.30 Co O4' B:Dc16 4.08 Co C1 B:Dda26 4.76 Co H3 B:Dda26 4.53 Co H1 B:Dda26 3.89 Co H22 B:Dda26 4.55 Co C1 B:Dda36 4.67 Co O1 B:Dda36 4.98 Co C2 B:Dda36 4.75 Co H1 B:Dda36 3.87 Co H22 B:Dda36 3.86 Co C8A B:Cph23 3.64 Co C1 B:Cph23 2.92 Co O8 B:Cph23 3.43 Co O1 B:Cph23 2.02 Co C8 B:Cph23 4.05 Co C2 B:Cph23 4.37 Co C4A B:Cph23 4.49 Co O9 B:Cph23 1.92 Co H2 B:Cph23 4.61 Co C9A B:Cph23 3.11 Co C9 B:Cph23 2.49 Co C5A B:Cph23 4.87 Co HO8 B:Cph23 2.71 Co C8A A:Cph33 3.57 Co C1 A:Cph33 2.86 Co O8 A:Cph33 3.43 Co O1 A:Cph33 1.96 Co C8 A:Cph33 4.03 Co C2 A:Cph33 4.30 Co C4A A:Cph33 4.40 Co O9 A:Cph33 1.91 Co H2 A:Cph33 4.53 Co C9A A:Cph33 3.01 Co C9 A:Cph33 2.39 Co C5A A:Cph33 4.80 Co HO8 A:Cph33 2.68 Co N2 A:Dg4 4.98 Co H21 A:Dg4 4.55 Co H22 A:Dg4 4.63 Co H2' A:Dc5 4.13 Co H1' A:Dc5 4.09 Co C1' A:Dc5 4.99 Co O2 A:Dc5 4.02 Co H5' A:Dc6 4.59 Co C4' A:Dc6 4.96 Co O5' A:Dc6 4.81 Co H4' A:Dc6 4.82 Co O4' A:Dc6 4.11 Co C5' A:Dc6 4.98 Co N2 B:Dg14 4.97 Co H21 B:Dg14 4.61 Co H22 B:Dg14 4.59 Co H2' B:Dc15 4.18 Co H1' B:Dc15 4.03 Co C1' B:Dc15 4.96 Co O2 B:Dc15 4.10 Co H5' B:Dc16 4.34 Co C4' B:Dc16 4.75 Co H1' B:Dc16 4.90 Co H4' B:Dc16 4.30 Co O4' B:Dc16 4.08 Co C1 B:Dda26 4.76 Co H3 B:Dda26 4.53 Co H1 B:Dda26 3.89 Co H22 B:Dda26 4.55 Co C1 B:Dda36 4.67 Co O1 B:Dda36 4.98 Co C2 B:Dda36 4.75 Co H1 B:Dda36 3.87 Co H22 B:Dda36 3.86 Co C8A B:Cph23 3.64 Co C1 B:Cph23 2.92 Co O8 B:Cph23 3.43 Co O1 B:Cph23 2.02 Co C8 B:Cph23 4.05 Co C2 B:Cph23 4.37 Co C4A B:Cph23 4.49 Co O9 B:Cph23 1.92 Co H2 B:Cph23 4.61 Co C9A B:Cph23 3.11 Co C9 B:Cph23 2.49 Co C5A B:Cph23 4.87 Co HO8 B:Cph23 2.71 Co C8A A:Cph33 3.57 Co C1 A:Cph33 2.86 Co O8 A:Cph33 3.43 Co O1 A:Cph33 1.96 Co C8 A:Cph33 4.03 Co C2 A:Cph33 4.30 Co C4A A:Cph33 4.40 Co O9 A:Cph33 1.91 Co H2 A:Cph33 4.53 Co C9A A:Cph33 3.01 Co C9 A:Cph33 2.39 Co C5A A:Cph33 4.80 Co HO8 A:Cph33 2.68 Co N2 A:Dg4 4.98 Co H21 A:Dg4 4.55 Co H22 A:Dg4 4.63 Co H2' A:Dc5 4.13 Co H1' A:Dc5 4.09 Co C1' A:Dc5 4.99 Co O2 A:Dc5 4.02 Co H5' A:Dc6 4.59 Co C4' A:Dc6 4.96 Co O5' A:Dc6 4.81 Co H4' A:Dc6 4.82 Co O4' A:Dc6 4.11 Co C5' A:Dc6 4.98 Co N2 B:Dg14 4.97 Co H21 B:Dg14 4.61 Co H22 B:Dg14 4.59 Co H2' B:Dc15 4.18 Co H1' B:Dc15 4.03 Co C1' B:Dc15 4.96 Co O2 B:Dc15 4.10 Co H5' B:Dc16 4.34 Co C4' B:Dc16 4.75 Co H1' B:Dc16 4.90 Co H4' B:Dc16 4.30 Co O4' B:Dc16 4.08 Co C1 B:Dda26 4.76 Co H3 B:Dda26 4.53 Co H1 B:Dda26 3.89 Co H22 B:Dda26 4.55 Co C1 B:Dda36 4.67 Co O1 B:Dda36 4.98 Co C2 B:Dda36 4.75 Co H1 B:Dda36 3.87 Co H22 B:Dda36 3.86 Co C8A B:Cph23 3.64 Co C1 B:Cph23 2.92 Co O8 B:Cph23 3.43 Co O1 B:Cph23 2.02 Co C8 B:Cph23 4.05 Co C2 B:Cph23 4.37 Co C4A B:Cph23 4.49 Co O9 B:Cph23 1.92 Co H2 B:Cph23 4.61 Co C9A B:Cph23 3.11 Co C9 B:Cph23 2.49 Co C5A B:Cph23 4.87 Co HO8 B:Cph23 2.71 Co C8A A:Cph33 3.57 Co C1 A:Cph33 2.86 Co O8 A:Cph33 3.43 Co O1 A:Cph33 1.96 Co C8 A:Cph33 4.03 Co C2 A:Cph33 4.30 Co C4A A:Cph33 4.40 Co O9 A:Cph33 1.91 Co H2 A:Cph33 4.53 Co C9A A:Cph33 3.01 Co C9 A:Cph33 2.39 Co C5A A:Cph33 4.80 Co HO8 A:Cph33 2.68 Co N2 A:Dg4 4.98 Co H21 A:Dg4 4.55 Co H22 A:Dg4 4.63 Co H2' A:Dc5 4.13 Co H1' A:Dc5 4.09 Co C1' A:Dc5 4.99 Co O2 A:Dc5 4.02 Co H5' A:Dc6 4.59 Co C4' A:Dc6 4.96 Co O5' A:Dc6 4.81 Co H4' A:Dc6 4.82 Co O4' A:Dc6 4.11 Co C5' A:Dc6 4.98 Co N2 B:Dg14 4.97 Co H21 B:Dg14 4.61 Co H22 B:Dg14 4.59 Co H2' B:Dc15 4.18 Co H1' B:Dc15 4.03 Co C1' B:Dc15 4.96 Co O2 B:Dc15 4.10 Co H5' B:Dc16 4.34 Co C4' B:Dc16 4.75 Co H1' B:Dc16 4.90 Co H4' B:Dc16 4.30 Co O4' B:Dc16 4.08 Co C1 B:Dda26 4.76 Co H3 B:Dda26 4.53 Co H1 B:Dda26 3.89 Co H22 B:Dda26 4.55 Co C1 B:Dda36 4.67 Co O1 B:Dda36 4.98 Co C2 B:Dda36 4.75 Co H1 B:Dda36 3.87 Co H22 B:Dda36 3.86 Co C8A B:Cph23 3.64 Co C1 B:Cph23 2.92 Co O8 B:Cph23 3.43 Co O1 B:Cph23 2.02 Co C8 B:Cph23 4.05 Co C2 B:Cph23 4.37 Co C4A B:Cph23 4.49 Co O9 B:Cph23 1.92 Co H2 B:Cph23 4.61 Co C9A B:Cph23 3.11 Co C9 B:Cph23 2.49 Co C5A B:Cph23 4.87 Co HO8 B:Cph23 2.71 Co C8A A:Cph33 3.57 Co C1 A:Cph33 2.86 Co O8 A:Cph33 3.43 Co O1 A:Cph33 1.96 Co C8 A:Cph33 4.03 Co C2 A:Cph33 4.30 Co C4A A:Cph33 4.40 Co O9 A:Cph33 1.91 Co H2 A:Cph33 4.53 Co C9A A:Cph33 3.01 Co C9 A:Cph33 2.39 Co C5A A:Cph33 4.80 Co HO8 A:Cph33 2.68 Co N2 A:Dg4 4.98 Co H21 A:Dg4 4.55 Co H22 A:Dg4 4.63 Co H2' A:Dc5 4.13 Co H1' A:Dc5 4.09 Co C1' A:Dc5 4.99 Co O2 A:Dc5 4.02 Co H5' A:Dc6 4.59 Co C4' A:Dc6 4.96 Co O5' A:Dc6 4.81 Co H4' A:Dc6 4.82 Co O4' A:Dc6 4.11 Co C5' A:Dc6 4.98 Co N2 B:Dg14 4.97 Co H21 B:Dg14 4.61 Co H22 B:Dg14 4.59 Co H2' B:Dc15 4.18 Co H1' B:Dc15 4.03 Co C1' B:Dc15 4.96 Co O2 B:Dc15 4.10 Co H5' B:Dc16 4.34 Co C4' B:Dc16 4.75 Co H1' B:Dc16 4.90 Co H4' B:Dc16 4.30 Co O4' B:Dc16 4.08 Co C1 B:Dda26 4.76 Co H3 B:Dda26 4.53 Co H1 B:Dda26 3.89 Co H22 B:Dda26 4.55 Co C1 B:Dda36 4.67 Co O1 B:Dda36 4.98 Co C2 B:Dda36 4.75 Co H1 B:Dda36 3.87 Co H22 B:Dda36 3.86 Co C8A B:Cph23 3.64 Co C1 B:Cph23 2.92 Co O8 B:Cph23 3.43 Co O1 B:Cph23 2.02 Co C8 B:Cph23 4.05 Co C2 B:Cph23 4.37 Co C4A B:Cph23 4.49 Co O9 B:Cph23 1.92 Co H2 B:Cph23 4.61 Co C9A B:Cph23 3.11 Co C9 B:Cph23 2.49 Co C5A B:Cph23 4.87 Co HO8 B:Cph23 2.71 Co C8A A:Cph33 3.57 Co C1 A:Cph33 2.86 Co O8 A:Cph33 3.43 Co O1 A:Cph33 1.96 Co C8 A:Cph33 4.03 Co C2 A:Cph33 4.30 Co C4A A:Cph33 4.40 Co O9 A:Cph33 1.91 Co H2 A:Cph33 4.53 Co C9A A:Cph33 3.01 Co C9 A:Cph33 2.39 Co C5A A:Cph33 4.80 Co HO8 A:Cph33 2.68 Co N2 A:Dg4 4.98 Co H21 A:Dg4 4.55 Co H22 A:Dg4 4.63 Co H2' A:Dc5 4.13 Co H1' A:Dc5 4.09 Co C1' A:Dc5 4.99 Co O2 A:Dc5 4.02 Co H5' A:Dc6 4.59 Co C4' A:Dc6 4.96 Co O5' A:Dc6 4.81 Co H4' A:Dc6 4.82 Co O4' A:Dc6 4.11 Co C5' A:Dc6 4.98 Co N2 B:Dg14 4.97 Co H21 B:Dg14 4.61 Co H22 B:Dg14 4.59 Co H2' B:Dc15 4.18 Co H1' B:Dc15 4.03 Co C1' B:Dc15 4.96 Co O2 B:Dc15 4.10 Co H5' B:Dc16 4.34 Co C4' B:Dc16 4.75 Co H1' B:Dc16 4.90 Co H4' B:Dc16 4.30 Co O4' B:Dc16 4.08 Co C1 B:Dda26 4.76 Co H3 B:Dda26 4.53 Co H1 B:Dda26 3.89 Co H22 B:Dda26 4.55 Co C1 B:Dda36 4.67 Co O1 B:Dda36 4.98 Co C2 B:Dda36 4.75 Co H1 B:Dda36 3.87 Co H22 B:Dda36 3.86 Co C8A B:Cph23 3.64 Co C1 B:Cph23 2.92 Co O8 B:Cph23 3.43 Co O1 B:Cph23 2.02 Co C8 B:Cph23 4.05 Co C2 B:Cph23 4.37 Co C4A B:Cph23 4.49 Co O9 B:Cph23 1.92 Co H2 B:Cph23 4.61 Co C9A B:Cph23 3.11 Co C9 B:Cph23 2.49 Co C5A B:Cph23 4.87 Co HO8 B:Cph23 2.71 Co C8A A:Cph33 3.57 Co C1 A:Cph33 2.86 Co O8 A:Cph33 3.43 Co O1 A:Cph33 1.96 Co C8 A:Cph33 4.03 Co C2 A:Cph33 4.30 Co C4A A:Cph33 4.40 Co O9 A:Cph33 1.91 Co H2 A:Cph33 4.53 Co C9A A:Cph33 3.01 Co C9 A:Cph33 2.39 Co C5A A:Cph33 4.80 Co HO8 A:Cph33 2.68 interactive model: